股东协议与公司章程保持内容不矛盾、不冲突是十分必要的，作为公司和公司的股东，都有义务对此作出保障，以避免不必要的麻烦。但现实中，基于各种原因，股东协议与公司章程无法避免出现矛盾与冲突的现象。笔者认为，当这种矛盾与冲突出现时，应当遵循以下原则处理：
1、严格区分内部事务与外部事务。当涉及的是公司内部事务处理时，应当依据股东真实意思作出处理。比如，针对分红问题，公司章程与股东协议约定不同，就可以考察股东协议与公司章程究竟哪个是在后签署的，在后签署的视为对在前文件的变更，因此以在后签署的文件为准。
2、当涉及的是公司外部事务处理时，应当依据公司章程的规定为准。因为公司章程是在公司登记机关登记并公示的文件，而股东协议仅存在于股东之间或者公司内部留存，无须公司登记机关备案，不具有公示的效力，因此，一旦发生争议，应以公司章程为准。比如，股东协议与公司章程就对外担保问题作了不同的规定，当第三人要求公司承担担保责任时就应以公司章程的规定为准，若公司或股东以股东协议的内容进行抗辩，则抗辩不成立。
3、基于以上原因，笔者建议：
（1）公司章程应尽可能吸收股东协议的内容。
（2）当股东协议作出了不同于公司章程的规定时，应当及时办理章程变更及登记手续，以尽可能避免股东协议与公司章程的不一致。
（3）当股东签署在后形成的文件时，应当注明“当股东协议与公司章程不一致的，以股东协议为准”等字样，以克服适用时的困扰。
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